20世紀初,許多福建人因原鄉土地不敷使用,加上糧食不足,聽聞南洋遍地是黃金後,甘冒著生命危險義無反顧出洋南下,從事苦力工作。這些工作場景有人說是巴生港、也有人說是新加坡,但大致上都是苦力們在搬運貨物的過程中,偶有藥材碎片掉落在地,於是拾起來收集後,拿到專賣肉骨的攤位集資煮食,逐漸形成肉骨茶這樣的特色佳餚。
隨著肉骨茶在東南亞以至亞洲及世界各地流傳,其烹飪風格亦隨著當時當地的華人而有所影響。 常見的肉骨茶風味可以分為以下三種:
現時在新加坡,潮州派較為盛行,而在馬來西亞則以福建派較為盛行。
在馬來西亞,特別是在巴生,現時還開始興起一種新的「乾肉骨茶」。雖說是「乾肉骨茶」,但即把肉湯煮成更濃稠的肉汁,再添入其他成分,如:枸杞子、乾棗、乾辣椒和魷魚乾等。與原來的肉骨茶相比,「乾肉骨茶」吃起來更有質感、有更清晰的味道,比傳統的更有藥味,還被譽為是解酒良藥。
由於伊斯蘭教禁吃豬肉,肉骨茶在馬來西亞亦出現了「清真版本」,以雞肉取代豬排,稱之為「雞骨茶」。而當豬流感爆發期間,由於當地居民因為疫情擴散而對豬肉恐慌,當地食店除了改賣清真版本以外,甚至還以海鮮來取代豬肉,又或研發出「全素」的「肉骨茶」。